双方とも、プログラムはユーザの知識や理解なしにインストールされ、コンピュータシステムを不安定にさせる、望まない情報漏洩を起こす等が共通の結果であるが、コンピュータウイルスは自己増殖能力を持ち、可能なら他のコンピュータに自分自身のコピーを広める。ウイルスが、セキュリティー対策が十分でないユーザのコンピュータに潜み、強引な手段で広く自己複製を配布するのに対し、スパイウェアは通常、増殖などの機能は持たない。スパイウェアの多くは、一見ユーザに様々な利便性があるかの様に装って、自分自身をダウンロードやインストールをさせるか、ユーザーに知られずに、特定のサイトを閲覧したり迷惑メールによって直接ユーザーに送り付けられ、システム上の問題を利用するなどしてインストールされる。コンピュータウイルスは、増殖する以外では、ユーザーにとって実に好ましからざる挙動をする物が多い。